macsima-qc
Pipeline de contrôle qualité pour la segmentation cellulaire automatique de la plateforme MACSima / MACSiQView. Le package compare la segmentation automatique à une référence manuelle (ROIs Fiji) via le test de Kolmogorov-Smirnov et l'Isolation Forest, puis génère des suggestions de paramètres MACSiQView via des tests de Mann-Whitney U. Une référence de segmentation manuelle de 4 641 cellules (tissu embryonnaire humain, DAPI) est embarquée dans le package.
GitHub
pip install macsima-qc
MACSiQView segmentation (.csv)
│
run_qc_pipeline() ← Isolation Forest + Mann-Whitney
│
┌───────┴─────────────────────────────┐
│ segmentation_annotated.csv │ ← OK / KO par cellule
│ macsiq_param_suggestions.csv │ ← suggestions MACiQView
└─────────────────────────────────────┘
──── Optionnel ────────────────────────────────────
Fiji ROIs (.zip) ──► generate_masks() ──► run_comparison()
│
run_qc_pipeline() ← Isolation Forest + Mann-Whitney
│
┌───────┴─────────────────────────────┐
│ segmentation_annotated.csv │ ← OK / KO par cellule
│ macsiq_param_suggestions.csv │ ← suggestions MACiQView
└─────────────────────────────────────┘
──── Optionnel ────────────────────────────────────
Fiji ROIs (.zip) ──► generate_masks() ──► run_comparison()